眼科對藥物的應用有一定的特殊性，某些藥物如退翳障藥為眼科特有，而外用藥的使用更具專科特點。一般藥物書籍中未明確列出藥物在眼科的應用，掌握眼科用藥的特殊性和特點是臨床眼科學的基礎。以下將眼科常用藥物按功能分為祛風藥、清熱藥、祛濕藥、化痰藥、開竅藥、平肝藥，理氣藥、止血藥，活血祛瘀藥、溫里藥、補益藥、退翳障藥及外用藥等簡述于后。